九八年二月，一場無情的大火將芝城雷藏寺的後半部化為灰燼，大殿和地下餐廳也遭到嚴重的波及；它將芝加哥同門，由最早的蓮芳堂、蓮友堂、芝北同修會等辛苦營建的芝城雷藏寺，化為一場空。

當時，正值芝加哥冬雪之季，又遭遇到保險公司和消防局現場鑑定人員一再拖延，使得重建事宜雪上加霜。人事上又遭到「ＸＸ功」事件的衝擊，許多同門都退了道心，使得人員上的運作更疲乏無力。

還好有根本傳承上師聖尊的加持和指導，大火過後，芝城雷藏寺所有的成員馬上在法師的宿舍召開緊急會議，成立了「芝城雷藏寺重建委員會」；宿舍改為臨時同修會。經過一次又一次密集的開會，重建芝城雷藏寺的草圖終於定案。

在整理火災後的現場時，大家看到大殿被薰黑的佛菩薩金身，都泣不成聲。在淚水與汗水之中，大家還是卯足勁，希望能找到一些有用之物。沒想到竟然讓我發現一個晶瑩剔透的小花瓶，這瓶正是聖尊在九四年首次在芝城雷藏寺主持開光安座大典之時，為大眾做寶瓶氣灌頂的法器。眾同門爭相觀看此瓶，雀躍不已，聖尊的法流，消除了大家心頭的陰霾。這也證實了聖尊蓮生活佛所使用的法器都有龍天護法的守護，此灌頂瓶現已保留在芝城雷藏寺的大殿之中，歡迎參觀。

芝城雷藏寺經歷了兩年的整修重建，終於在千禧年七月二日，法緣成熟，恭請真佛宗根本傳承上師蓮生活佛親臨開光安座。新寺有真佛寶殿、地藏殿、城隍殿、護法殿等四大殿，佈置得金碧輝煌，充滿了密教色彩，尤其護法殿是聖尊一再讚賞的。

除了感謝聖尊的慈悲與加持，我更希望芝城雷藏寺的每一位師兄姐，都能珍惜聖尊賜給我們的福份，廣傳殊勝的真佛密法。更希望那一些迷途的師兄姐，能早日歸來，芝城雷藏寺的同門都很想念你們，也永遠歡迎你們。

宮本武藏報導